Cổng lượng tử CNOT đã được đề xuất lần đầu tiên bởi Ignacio Cirac và Peter Zoller vào năm 1995, đặc biệt cho hệ thống bẫy ion. Cùng năm đó, một bước tiến quan trong cổng C-NOT đã được thực hiện thí điểm tại NIST Ion Storage Group, và nghiên cứu máy tính lượng tử bắt đầu khởi sướng trên toàn thế giới.

Nhiều nhóm nghiên cứu bẫy ion truyền thống đã chuyển sang làm nghiên cứu tính toán lượng tử. Sự tiến bộ lớn trong lĩnh vực này đã được thực hiện trong nhiều thập kỷ qua và các ion bị bẫy vẫn là một tiêu điểm hàng đầu cho tính toán lượng tử.